目前，从食品中检测金黄色葡萄球菌的常规细菌培养方法( GB 4789.10-2010《食品微生物学检验金黄色葡萄球菌检验》) ，可对食品中金黄色葡萄球菌进行定性和定量检验，该方法设备简单、成本低; 但检验时间较长( 3 ～ 5d) ，操作繁琐，且灵敏度较低; 不宜应对突发性公共卫生和食物中毒事件中筛检出金黄色葡萄球菌。
金黄色葡萄球菌有多种蛋白质抗原，其中肠毒素和金黄色葡萄球菌A蛋白常用于金黄色葡萄球菌的检测。金黄色葡萄球菌免疫学检测的新方法有免疫荧光技术、酶联免疫( ELISA) 技术、乳胶凝集技术和免疫磁珠技术等，大多数都用在肠毒素的测定。如直接从食品中检测肠毒素的ELISA、反向被动乳胶凝集等，检测限可达到ng/g(ml) 。同时，免疫学方法的一些缺陷削弱其应用，如需要高纯度的肠毒素制备特异性抗体，而纯化肠毒素是很难和昂贵的，到目前仅SEA～SEE、SEG、SEH和SelQ抗体得到普遍使用，同时一些试剂盒特异性较低，可因食品成分干扰出现假阳性。
近年来，以分子生物学为基础的PCR方法和实时荧光定量PCR方法等大范围的使用在食品中金黄色葡萄球菌的快速检测，具有特异性强、灵敏度较高、检测限低等优点，无需增菌就可从基因水平直接检测金黄色葡萄球菌，可以克服传统细菌培养法的缺点和不足。
PCR方法检验测试金黄色葡萄球菌所选用的靶基因主要有肠毒素基因、耐热核酸酶基因、凝固酶基因、抗生素抗性基因和16SrNA基因等，而用于食品中检测的靶基因常用肠毒素基因和耐热核酸酶基因。在2000 年日本发生的因奶粉被金黄色葡萄球菌肠毒素污染造成13000多人食物中毒的事件中，尽管从毒奶粉中未分离到金黄色葡萄球菌，然而采用PCR方法检出了sea，seg，seh和sei肠毒素基因。近年来一些研究者在同一反应体系中使用一通用引物和不同特异性引物检测金黄色葡萄球菌多种毒力基因的多重PCR 方法，其实用性较好。Kim等采用该方法分析了从即食冷冻食品中分离的金黄色葡萄球菌肠毒素基因( sea、seb、sec、sed、see、seg、she、sei 和sej)、毒性休克综合征毒素-1 基因( tst-1) 和2 种表皮剥落毒素基因(eta和etb)，约一半的菌株有产毒特性，大部分产毒菌株具有编码两种及以上毒素的基因，产毒基因出现频率依次为seg=seiseatst-1etbsehetasecsej。在使用PCR检测肠毒素基因时，研究者发现金黄色葡萄球菌携带肠毒素基因的可变性高(75%～80%)，它是因为金黄色葡萄球菌的基因组含有多种IS元件、原噬菌体序列和致病基因岛等可移动元件，而在可移动遗传元件上编码许多肠毒素，这些可移动元件的转移致使金黄色葡萄球菌肠毒素呈多样性以及新肠毒素基因和高致病力毒株的不断出现。
采用PCR方法可对金黄色葡萄球菌进行快速诊断，但不能对其准确定量，同时易产生交叉污染、出现假阳性等。而在普通PCR方法基础之上发展起来的实时荧光定量PCR，克服了普通PCR方法的缺陷，目前已在食品中金黄色葡萄球菌检验测试方面得到应用。CHIANG 等采用实时荧光PCR检测奶和肉样品中的金黄色葡萄球菌，方法检出限为103cfu/ml或cfu/g; 如样品经10h增菌，检出限可达到1cfu/ml或cfu/g。
由于现有金黄色葡萄球菌检测的新方法的缺陷，以及对新的肠毒素缺乏可利用的抗体，为此一些研究人员建立了基于物理化学技术的分析方法，如基质辅助激光解吸-电离飞行时间质谱法，它是基于肠毒素作为金黄色葡萄球菌的特征性生物标志物，将样品在基质辅助下检测，得到含肠毒素分子量和结构信息的质谱图，与蛋白质组数据库中的质谱图比较，来判断食品是否被金黄色葡萄球菌污染。该方法具有定量、特异、快速和可靠的特点。
近年来，生物传感器技术应用于金黄色葡萄球菌肠毒素检测，它具有所需样品量少、速度快、生物功能膜可多次使用等优点。目前主要有电化学免疫传感器、光学生物传感器和压电晶体免疫传感器等，基于单壁碳纳米管的生物传感器可实时监控样品中金黄色葡萄球菌的污染，最低检测浓度达到8×102cfu/ml。
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